动物摄食的日粮养分中，只有部分能被动物吸收，用于其生长和繁殖，其余的养分则随排泄物进入环境，伴随排泄物进入环境的还有大量的微生物，其中不乏病原微生物，如果畜禽粪污未经过适当处理而对外排放，将对周围地表和地下水、土壤、大气以及人类健康造成极大的威胁。
我国畜禽粪污排放量大，是农业面源污染主要来源。据二次全国污染源普查测算，目前我国畜禽粪污年产量在30.5亿吨，是2019年工业固体废弃物产生量的0.86倍。按70%的收集系数计算，年需处理畜禽粪污量达21.35亿吨。畜禽粪便中含有大量的氮和磷的化合物，尤其是在饲料的氨基酸不平衡、可利用养分低的情况下，含量更高。如肉仔鸡粪便中含有约50％的食入氮及55％的食入磷。这些氮和磷进入土壤后，会转为硝酸盐和磷酸盐，含量过高会使土地失去生产价值，造成地表水和地下水的污染，使水中硝态氮、硬度和细箘总数超标。水体富营养化后，蚊蝇及其它昆虫大量孳生，藻类和其它水生植物大量繁殖，使水中溶解氧减少，鱼虾等水生动物因缺氧而死。粪便中因含有硫化氢、粪臭素（甲基吲哚）、脂肪族的醛类、硫醇、胺类和氨气等，所以臭气难闻。如果粪便排出后不能及时处理会使臭味增加，危害人畜的健康。患病或隐性带病的畜禽会排出多种致病菌和寄生虫卵，如大肠杆菌、沙门氏菌、鸡金黄颜色葡萄球菌、传染性支气管炎病毒、禽流感和马立克氏病毒、蛔虫卵、毛首线虫卵等。据化验分析，畜牧场所排放的每毫升污水中平均含33万个大肠杆菌和66万个肠球菌；沉淀池内每升污水中蛔虫卵和毛首线虫卵分别高达193.3个和106个。如不适当处理，不仅会造成大量蚊虫孳生，而且还会成为传染源，造成疫病传播，影响人类和畜禽健康。当今畜牧业生产中大量使用各种微量元素添加剂，如仔猪生产中使用铜制剂可高达250mg/kg，铁制剂100mg/kg。此外，含砷生长剂也广泛使用，据测算，一个10万只鸡场若连续使用有机砷生长剂15年后，周围土壤中的砷含量会增加一倍。采用厦门瑞赛可重金属钝化技术可以把粪污中重金属由可给态转为不可给态在畜禽粪便和养殖污水的贮存和处理过程中还产生和挥发大量的氨气、硫化氢、甲硫醇、甲硫醚、二甲二硫醚、丙酸、丁酸和戊酸等臭气物质，引起臭气污染。不仅如此，比利时、荷兰和丹麦等欧洲国家的研究表明畜牧业排放的氨气是导致酸雨的主要因素。粪便堆肥技术是将农作物的秸秆和养殖场畜禽的粪便堆在一起，在自然环境的作用下进行发酵，从而产生肥料，应用在农业种植中。堆肥技术经过多年的发展，现在正朝着机械化、商品化的方向发展，设备效率也在不断地提高，这种方法用来治理畜牧养殖业中的粪污问题是简便的方法，符合我国资源可持续发展的要求。对养殖场产生的畜禽污染物(粪便、粪水和污水)进行集中收集，全部进入氧化塘储存发酵，氧化塘分为敞开好氧发酵和覆膜式厌氧发酵两类，粪污在氧化塘中经过一段时间的发酵之后进行储存，在施肥季节进行农田利用，敞开式好氧发酵由于空气污染指数过高，现在已经不推广使用。 这种畜禽粪污处理方式的优势在于粪污收集、处理、储存设施成本低，畜禽粪污中的有机物得以全量收集，养分利用率高。但是粪污储存周期一般要达到半年以上，占地面积大，需要大量土地建设氧化塘及储存设施，并且需要配套的施肥机械、农田施用管网、搅拌设备等辅助设施；另外，对于远距离运输的养殖场，粪污运输费用高、污染道路，所以这种方法只能在一定范围内使用。这种方式通常和粪污全量还田方式搭配使用，养殖场产生的粪水经氧化塘处理储存后，在农田需肥和灌溉期间，将无害化处理的粪水与灌溉用水按照一定比例混合，进行水肥一体化施用。这种畜禽粪污处理方式的优势在于粪水进行氧化塘无害化处理后，可以为农田提供有机肥水资源，解决粪水处理压力。但是无论在发酵阶段还是氧化塘发酵储存阶段还是水肥一体化施用阶段，都需要消耗大量的土地作为配套支撑，并且需配套建设粪水输送管网或购置粪水运输车辆，对于采用这种方式的养殖场，远距离的粪水运输，无论是从上路运输还是高额的运输费用，都成为了新的问题。对畜禽粪污进行收集，建设大型沼气工程，进行厌氧发酵，产生沼渣、沼液、沼气，利用沼气发电或提纯生物天然气，沼渣生产有机肥农田利用，沼液农田利用或深度处理达标排放。这种处理方式主要以生产可再生能源为主要目的，依托专门的畜禽粪污处理企业，收集周边养殖场粪便和粪水，对养殖场的粪便和粪水集中统一处理，减少小型养殖场粪污处理设施的投入；运作，能源化利用效率高。但是这种方法一次性投入成本很高，能源产品利用难度大；沼液产生；量大集中，处理成本较高，需配套后续处理利用工艺。目前多见于大型规模养殖场或养殖密集区，具备沼气发电上网或生物天然气进入管网条件，需要地方单位配套政策予以保障 主要以畜禽粪污、蘑菇菌渣及农作物秸秆等有机物作为原料，进行堆肥发酵。利用畜禽粪污、蘑菇菌渣、农作物秸秆三者结合，生产基质盘和基质土应用于栽培水果蔬菜等经济作物。实现农业生产链零废除、零污染的生态循环生产，形成一个有机循环农业综合经济体系，提高资源综合利用率。这种畜禽粪污处理方式生产链较长，精细化技术程度高，要求生产者的整体素质高，培养期实习期较长，对于生态农业企业及生态农业更为适用。这种处理方式可以说是奶牛场的专属，基于奶牛粪便纤维素含量高、质地松软含水量少的特点，先将奶牛粪污固液分离，然后对固体粪便进行高温好氧堆肥发酵，发酵完成的牛粪就可以作为牛床垫料使用，污水贮存后也可以作为肥料进行农田利用。这种畜禽粪污处理方式为牛粪替代了传统的沙子和土作为垫料，不仅可以节省奶牛场的运营成本，更为松软舒适的牛床垫料还可以增加奶牛的卧床时间，提高奶牛的产奶量，采用这种方法一定要注意牛粪中病虫害的杀死率，作为垫料如无害化处理不全，则会存在一定的生物安全风险。这种方法的“饲料化”并不针对于畜禽粪污本身，而是将在畜禽养殖过程中的干清粪与蚯蚓、蝇蛆及黑水虻等动物蛋白进行堆肥发酵，生产有机肥用于农业种植，发酵后的蚯蚓、蝇蛆及黑水虻等动物蛋白用于制作饲料等。这种畜禽粪污处理方式改变了传统利用微生物进行粪便处理的理念，可以实现集约化管理，成本低、资源化效率高，无二次排放及污染，实现生态养殖。但实际操作复杂，动物蛋白饲养对于养殖环境的温度、湿度、透气性要求非常严格，不仅要防止鸟类等天敌的偷食，后期的有机肥、动物蛋白分离同样耗费精力。畜禽粪便经过瑞赛可生物干化技术发酵后，进行挤压造粒，生产生物质燃料棒。畜禽粪便制成生物质环保燃料，作为替代燃煤生产用燃料，成本比燃煤价格低，减少二氧化碳和二氧化硫排放量。
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